Arsitek Bali disebut sebagai Undagi, sayangnya nama Undagi Pura Segara tidak didikumentasikan, namun diketahui dalam pembangunannya, ada pendeta yang membantu menunjukkan desain yang pada akhirnya digunakan. Dibangun menggunakan ukuran organ tubuh. Pura Segara mulai konstruksi pada tahun 1980 akhir Januari, tanah dipinjamkan TNI AL karena awalnya tidak ada tempat ibadah bagi pemeluk agama Hindu. Ketika umat Hindu mulai bertambah banyak, tanahyang dipinjamkan bertambah hingga saat ini mencapai 2400 meter persegi.