Banyaknya sarana akomodasi yang berdiri di daerah Danau Toba
khususnya di kota Parapat, menyebabkan berbagai dampak, salah satunya adalah
dampak negatif. Adapun berbagai macam dampak negatif yang telah terjadi,
diantaranya adalah pencemaran air, pencemaran udara, pencemaran suara serta
pencemaran tanah. Pencemaran - pencemaran tersebut telah memberikan dampak
negatif secara langsung maupun tidak langsung ke lingkungan alam di Parapat.
Saat ini di Danau Toba telah terjadi pencemaran air oleh limbah kotor yang
dibuang oleh hotel - hotel dan motel - motel disekitarnya. Juga terjadi
pencemaran udara dan suara yang disebabkan oleh sampah yang tidak dapat
berbaur dengan tanah, seperti plastik dan kaleng - kaleng bekas. Pemerintah
daerah setempat telah berupaya menangani pencemaran - pencemaran tersebut
dengan melakukan pembersihan air di sekitar danau dan memberikan denda bagi
yang membuang sampah sembarangan. Saran dari penulis bagi pemerintah daerah
setempat adalah mengadakan sarasehan dengan para pemilik hotel, restauran, dan
wakil masyarakat agar lebih memperhatikan lingkungannya. Sangatlah penting
bahwa sarasehan ini melibatkan pakar - pakar di bidang kimia dan ecotourism
dari universitas - universitas di Sumatera Utara.