Umat Islam melalui PW NU Jawa Timur bersama umat beragama non-Muslim membantu pengungsi Sampit (Kalimantan Tengah) asal Madura. Bantuan berupa uang Rp 15 juta dan Rp 60 juta dalam bentuk barang seperti mie, kecap, dan sebagainya. Bantuan itu terkumpul dalam pertemuan kantor PW NU Jatim yang dihadiri para tokoh keagamaan antara lain dari Keuskupan Malang, GKI Ngagel Surabaya, Hindu Dharma Surabaya, dan beberapa utusan dari Unika Widya Mandala dan UK Petra Surabaya. Sejak 2 Maret 2001, umat beragama di Jatim telah membuka Posko Peduli Pengungsi Sampit. Sebelumnya telah diberikan juga makanan dan minuman kepada setiap pengungsi yang tiba di pelabuhan Perak hampir setiap hari.
Mulai 26 Februari hingga 10 Maret 2001 jumlah pengungsi di Sampang mencapai 34.214 jiwa pengungsi atau 7.664 KK, yang ditampung di pendapa kabupaten dan posko pengungsi di 12 kecamatan. Tercatat bahwa di Palangkaraya selama kerusuhan antaretnis tersebut, 264 rumah permanen dibakar, rumah semipermanen 255 buah, rumah kayu 299 unit, satu bus, enam mobil tangki, 20 becak. Jumlah pengungsi dari etnis Madura yang masih berada di Palangkaraya 3.233 orang, telah diberangkatkan ke Surabaya berjumlah 51.423 orang dan masih ada sekitar 200 pengungsi lagi yang langsung dibawa ke Pelabuhan Samuda, Kalteng, untuk juga diberangkatkan dengan kapal swasta.