Kereta api di Indonesia mulai beroperasi tahun 1860. Ketika itu perusahaan-perusahaan besar seperti Nederlandsch Indische Spoorweg Maatschapplj (NISM) hingga Staalsspoorwegen (SS) membuat jaringan rel kereta api. Selain itu perusahaan swasta itu juga membuat stasiun hingga perumahan bagi pegawainya. Perusahaan SS yang menaungi atau mengelola Stasiun Gubeng ketika itu mulai merancang pembangunan jaringan rel kereta api secara bertahap dari Surabaya-Pasuruan-Malang. Hingga akhirnya deresmikan oleh Gubernur Jenderal Vans Lansberg tanggal 20 Juli 1879. Namun ditahun 1870, bangunan Stasiun Gubeng itu sudah mulai berdiri. Menurut pengamat sejarah Handinoto, ketika Stasiun Gubeng berdiri bangunannya sangat kecil. Hampir semua perusahaan membangun stasiun dengan desain yang ditentukan dengan besar kecilnya bangunan (stasiun). Dan mereka (perusahaan) mempunyasi standarisasi masing-masing dalam membangun" kata Handinoto kepada Radar Surabaya.