Penjadwalan ulang perjalanan kereta api sering harus dilakukan akibat adanya kendala teknis pada kereta yang
menghambat kereta melakukan perjalanan pada waktu yang ditentukan ataupun karena adanya penambahan
kereta api. Simulasi sistem penjadwalan kereta mampu membantu memecahkan masalah yang dihadapi pengelola jasa layanan kereta api dalam menyusun jadwal baru berkenaan dengan adanya kendala perjalanan
kereta api ataupun adanya penambahan kereta api baru. Simulasi dilakukan dengan menggunakan bahasa pemrograman Java dengan aturan antrian (queue) seperti yang diberlakukan pada Daerah Operasi VIII Jawa Timur. Dari hasil pengujian sistem secara keseluruhan untuk penjadwalan ulang dengan mengubah waktu keberangkatan kereta api, diperoleh 76 persen kereta mengalami waktu perjalanan yang lebih cepat dibandingkan hasil simulasi terhadap Grafik Perjalanan Kereta Api (GAPEKA). Pengubahan waktu keberangkatan dibatasi dalam selang waktu ? 30 menit dari waktu yang ditetapkan pada GAPEKA.