SLTPN membuat sistem baru yang digunakan untuk penerimaan siswa baru yang mana sistemnya mirip dengan sistemnya UMPTN. Hal ini mengandung beberapa reaksi diantaranya Dr. Anita Lie Ed.D yang merupakan konsultan pendidikan di Sekolah cita hati dan juga mantan dekan fakultas ekonomi UK Petra, menurutnya sistem tersebut mengandung kelemahan yang cukup rawan terjadi penyimpangan dan lembaga yang ditunjuk untuk mengoreksi jawaban dari para peserta juga rawan KKN. Kemudian, Prof. Dr. Muchlas yang merupakan pakar pendidikan UNESA juga menyatakan tidak setuju dengan sistem tersebut dan lebih setuju ke sistem lama. Tetapi hal itu dikembalikan ke sekolah masing-masing sesuai wewenangnya.