Pintu air Gubeng, sistem dari pengaturan lalulintas perahu dimana setiap perahu yang akan melintas di Dam Gubeng ini harus masuk kedalam kanal dulu.
Kanal yang dilengkapi 4 pintu air mekanis disetiap ujungnya dan ada saluran pengisi air untuk mengatur ketinggian air dalam kanal.
Misal perahu dari arah utara ,maka pintu kanal sisi utara dibuka setelah ketinggihan airnya sudah sama dengan air disis utara dam lalu perahu masuk kedalam kanal, kemudian pintu kanal utara ditutup.Setelah pintu utara ditutup makan kanal itu diisi air sampai ketinggian air sama dengan ketinggihan air dalam sisi selatan dam, setelah itu pintu kanal sebelah selatan dibuka dan perahu bisa keluar menuju ke selatan dam.
Kanal yang kosong oleh perahu diisi oleh perahu dari selatan dam, steleah diisi perahu pintu selatan ditutup. Kemudian air dalam kanal diturunkan sampai sama dengan ketinggihan air di sisi utara dam.
Dam Gubeng memiliki 2 kanal , tapi sekarang tidak digunakan, sistem kanal ini sudah rusak karena kurang perawatan dan kepedulian pemerintah.
Andai di buat wisata air dengan perahu yang bisa melewati ini , alangkah indahnya. Dulu perna mendengar ada rencana pengembalikan fungsi kanal dam Gubeng ini sebagai sarana rekreasi dan dalam perbaikan mengandeng pemerintah Belanda. Rencana itu satu paket dengan perbaikan jembatan Petekan dan penele, tapai sampai sekarang belum juga terlakasana.